——以领导干部自然资源资产离任审计试点为载体，承担中央生态文明体制改革任务。党的十八届三中全会提出要“对领导干部实行自然资源资产离任审计”。开展自然资源资产离任审计是中央生态文明体制改革的重要内容。通过在全国范围内实施审计试点项目，审计机关探索了领导干部自然资源资产离任审计的组织形式、审计方法、审计内容、审计重点、审计评价等。2017年9月19日，中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《领导干部自然资源资产离任审计规定（试行）》，标志着这项审计工作由局部试点到全面铺开，逐步走向规范化、制度化、科学化轨道，完成了中央部署的改革任务。
——以查处重大违纪违法问题线索为抓手，服务于党和国家反腐败工作。围绕建设用地审批征收、供应和使用以及矿业权的出让、转让等国有资源领域，以及危害生态安全、破坏人居环境的重大问题，紧盯重点区域、主要矿种、重点资金、重点地块、重点项目和权力运行的关键环节。
——以推动国家重大战略实施为重点，开展重点区域资源环境审计。紧紧围绕推动国家重大战略的实施，关注相关生态环保政策贯彻落实情况，促进真正树立绿色发展理念。如按照习近平总书记多次强调长江经济带要“共抓大保护、不搞大开发”的要求，从2017年12月到2018年3月，审计署组织实施长江经济带生态环境保护审计，揭示破坏性建设活动屡禁不止的增量问题；揭示沿江工业园设置不合理、小水电开发无序、污染防治投资资金绩效不高等问题。
——以专项资金审计为突破口，跟踪监督资源环境领域中央有关政策措施落实效果。围绕国家财政投入去产能、工业企业结构调整、新能源、能源节约、可再生能源利用和资源综合利用等内容，对节能环保、重点流域水污染防治等中央财政预算资金进行审计，反映相关资金所承载的去产能、能源节约、可再生能源利用、资源综合利用、环境保护等政策目标未实现的问题。