政府机构改革后，武汉市审计局将重大项目稽查职能融入审计大格局，突出重点，统筹推进，充分发挥新时代审计监督职能作用。
一是突出重大政策措施落实情况跟踪审计。对涉及供给侧结构性改革、“放管服”改革、打赢“三大攻坚战”等重大建设项目，围绕立项、审批、开工、竣工等方面情况进行政策跟踪审计，重点关注基层相关部门推进国家财税、产业、民生、区域开发开放等重大政策的落实和实施效果情况，督促各参建单位严格执行相关法律法规和政策，将转变政府职能、规范权力运行、释放市场活力的政策措施落到实处，确保政府投资重大项目按计划高效实施。
二是突出重要建设领域专项监督。对教育、卫生、民政、交通、市政等民生和社会关注的焦点、投资热点、建设难点问题开展专项审计监督，关注重大项目审批、征地拆迁、环境保护、工程招投标、物资采购、工程结算、资金管理等关键环节，积极探索新的方式办法，把全面检查、专项检查、随机抽查等方式结合起来，聚焦重点人、重点事和重点问题，揭露因决策失误、管理不善而造成重大损失浪费、重复建设以及不作为不担当、侵害群众利益等问题。对建设项目存在的机制和体制问题，及时提出具有针对性、可行性的建议，促进依法健全完善管理制度，规范投资秩序。
三是突出各专业审计监督相结合。将重大建设项目稽查职能与经济责任审计、预算执行审计、部门财务收支审计以及国有企业监督等相互统筹、融合，监督成果能彼此运用，互为补充，实现对建设项目监督的单兵作战向多个审计相互联动转变，在各类审计监督职能联动中，推动改革发展目标更好实现。
四是突出发现问题整改落实。稽察职能并入审计后，根据稽察处理原则，有机融合审计和稽察处理职能和特点，探索采取较为直接、便捷的方法，如审计约谈、整改建议书等方式，对存在问题的项目以建议暂停拨付资金、收回项目资金、暂停项目建设等方式，实现对重大项目及时、完整、高效的监督。