——审计计划阶段。一是编制年度审计项目计划；二是编制审计工作方案，主要包括审计目标、范围、内容和重点等。
——审计实施阶段。一是由审计机关确定审计组组长，选派合适的审计人员组成审计组；二是制发审计通知书，在实施审计3日前送达被审计单位，遇有特殊情况，经本级人民政府批准直接持审计通知书进行审计；三是调查了解被审计单位及其相关情况，评估被审计单位存在重要问题的可能性，确定审计应对措施；四是编制审计实施方案，主要包括审计目标、范围、内容、重点及措施等；五是实施审计，获取充分、适当的审计证据，作出审计记录。
——审计报告阶段。一是审计组起草审计报告；二是征求被审计单位意见。审计组的审计报告按照规定的程序审批后，应当以审计机关的名义书面征求被审计单位意见。被审计单位应当自接到审计报告之日起10日内提出书面意见，若10日内未提出书面意见的，视同无异议。审计组应当针对被审计单位提出的书面意见，进一步核实情况，对审计组的审计报告作必要修改，连同被审计单位的书面意见一并报送审计机关；三是复核审计报告。审计组所在业务部门对审计组的审计报告等业务文书、相关审计证据材料进行复核；四是审理审计报告。审计机关审理机构对审计组所在业务部门复核修改后的审计报告、审计决定书等审计项目材料进行审理；五是审定审计报告。审计报告原则上应当由审计机关审计业务会议审定，特殊情况下，经审计机关主要负责人授权，可以由审计机关其他负责人审定；六是签发审计报告。审计报告经审计机关审定后，由审计机关负责人签发。